Termijnen
De CTR voorziet in strikte termijnen. De klok start de dag nadat de aanvraag is ingediend en hanteert Midden-Europese tijd (Central European Time, CET). In Nederland wordt eveneens CET gehanteerd.
Elke fase, vanaf validatie, beoordeling en besluit, heeft zijn eigen maximale termijn voor lidstaten en opdrachtgevers. De tijdslimieten worden vermeld in kalenderdagen en volgen de regels zoals bepaald in Verordening (EEG, Euratom) nr. 1182/71. Dit betekent dat de uiterste datum nooit op een weekenddag of officiële feestdag kan vallen. Ook kan een periode nooit korter zijn dan twee achtereenvolgende werkdagen. Voor multinationale onderzoeken wordt rekening gehouden met officiële feestdagen van de rapporterende lidstaat en/of betrokken lidstaten afhankelijk van de te volbrengen actie van de rapporterende lidstaat/betrokken lidstaten. De tijdslimieten zijn zichtbaar in CTIS.
Klokstop voor Kerstmis
Er is een informeel afgesproken klokstop voor Kerstmis tussen 23 december en 7 januari voor alle geneesmiddelenstudies, d.w.z. nationaal en multinationaal. De opdrachtgever moet eventuele bezwaren tegen deze klokstop op tijd aangeven bij de rapporterende lidstaat. Er zijn geen andere klokstops binnen de procedures.